小惑星の衝突により、地球の主要な大地は全て「シノビ」という名の猛毒に侵されていた。人々は唯一汚染を免れた「海陸」に逃れるが、シノビの生み出した異形のクリーチャーに怯え、世界は絶望の淵に立たされていた。

　　位于日本南方的南十字岛，富饶美丽，抬头是那璀璨绝美的星空。正在海滩上徜徉漫步的扬卷和子（早见沙织 配音）和新藤诹访（福山润 配音），偶然救助了一名昏倒在海边的少年特纳西·塔科特（宫野真守 配音）。他是南十字学园高中部的新生，由于未能赶上最后一班船而跳入海中，从大陆游到南十字岛。性格明朗的特纳西展开了快乐的校园生活，虽然他声称来此是歌颂快乐易逝的青春生活，但其内心深处似乎隐藏着什么秘密。另一方面，该岛金山废矿下埋藏着被称作“赛巴迪（Cybody）”的机器人。特纳西意外踏入禁区，遭遇了秘密组织绮罗星十字团