公元2012年，MU族在东京降下，当时的驻日美军和日本自卫队联合对其进行进攻并在后期使用了战术核武器，结果是惨败，MU族使用TOKYO JUPITER割断了东京与外界的一切联系，地球上的国家组成了地球

　　位于日本南方的南十字岛，富饶美丽，抬头是那璀璨绝美的星空。正在海滩上徜徉漫步的扬卷和子（早见沙织 配音）和新藤诹访（福山润 配音），偶然救助了一名昏倒在海边的少年特纳西·塔科特（宫野真守 配音）。他是南十字学园高中部的新生，由于未能赶上最后一班船而跳入海中，从大陆游到南十字岛。性格明朗的特纳西展开了快乐的校园生活，虽然他声称来此是歌颂快乐易逝的青春生活，但其内心深处似乎隐藏着什么秘密。另一方面，该岛金山废矿下埋藏着被称作“赛巴迪（Cybody）”的机器人。特纳西意外踏入禁区，遭遇了秘密组织绮罗星十字团

公元2199年，历经千难万险的宇宙战舰大和号终于凭借次元波动引擎抵达伊斯坎达尔星。几经修整，人类决定启程离开大麦哲伦银河，谁知却在大麦哲伦的外缘遭遇一支神秘机动部队的刁难。对方正是来自白色彗星帝国、以蛮横勇猛著称的战斗民族加特兰蒂斯。该部队的指挥官是帝国远征军大都督，人称“雷鸣”的哥兰·达卡姆（大友龙三郎 配音）。哥兰蛮横无理地要求地球人交出军舰，在遭到拒绝后，他突然祭出最新式的武器——火焰直击炮。千钧一发之际，大和号躲开了火焰直击炮的攻击，却不小心进入了一个灰蒙蒙的神秘空间。军舰仿佛有了自己的意识，自顾

故事发生在20世纪产业革命的大跃进之后，受到地球资源日益枯竭影响的人类，开始向宇宙寻求新的生存空间。为了适应宇宙环境，人类开始了对人体的改造。结果诞生出来的，便是主人公伊兹鲁等拥有“S级遗传基因”的人

2010年，异次元的的访客[MU]一族来到地球，由于回应人类的进攻，因此爆发了“MU大战”。MU最后占据了日本的首都东京，在四周展开了巨大的防护壁将城市笼罩起来，形成被称为“TOKYOJUPITER”